Nella maggior parte dei casi, tecnologie come la PCR e altre tecniche di amplificazione richiedono fasi di estrazione e purificazione del DNA. Smart Amplification versione 2 (SmartAmp2) è una tecnologia di amplificazione isotermica e integrata che elimina la necessità di una lunga preparazione del campione per il rilevamento rapido degli acidi nucleici, inclusi i polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), le mutazioni e altri bersagli. Inoltre, l’amplificazione del DNA direttamente dal sangue intero è benefica e riduce il rischio di contaminazione incrociata. I test SmartAmp2 tradizionali consistono in due fasi e richiedono un pretrattamento alcalino a 98 gradi C prima di una corsa a 60 gradi.
Per rendere SmartAmp2 veramente isotermico e semplificare l’amplificazione del DNA, introduciamo SmartAmp Isothermal Lysis Buffer (SIL-B), un tampone di lisi caotropico di nuova concezione che consente il recupero e la denaturazione simultanei del materiale genomico direttamente dal sangue intero a una temperatura uniforme di 60 gradi C. Isolamento migliorato Il metodo Whole Blood Nucleic Acids è una pietra miliare nella creazione di uno SmartAmp2 veramente isotermico dall’inizio alla fine a una singola temperatura, aumentandone il potenziale per l’uso di routine nei test al letto del paziente. Inoltre, il pretrattamento con SIL-B consente l’amplificazione PCR del materiale genomico direttamente dal sangue intero.
Amplificazione diretta di SARS-CoV-2 mediante RT-PCR da campioni clinici utilizzando un tampone concentrato di lisi-amplificazione del virus preparato con IGEPAL-630
La pandemia del 2019 causata dal nuovo coronavirus (SARS-CoV-2) continua a diffondersi rapidamente in tutto il mondo. L’amplificazione dell’acido nucleico funge da gold standard per la conferma dell’infezione da COVID-19. Tuttavia, le sfide affrontate dai laboratori diagnostici nei paesi sottosviluppati includono la mancanza di kit e materiali per la purificazione dell’RNA virale. Pertanto, è necessario verificare urgentemente metodi alternativi per isolare gli acidi nucleici per SARS-CoV-2.
I nostri risultati mostrano che un tampone di amplificazione della lisi virale concentrato (vLAB) preparato con detergente non ionico IGEPAL consente il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2 mediante reazione a catena diretta della trascrittasi-polimerasi inversa (dRT-PCR). Inoltre, vLAB ha effettivamente inattivato SARS-CoV-2. Poiché questo metodo è poco costoso e non sono necessarie apparecchiature di purificazione dell’RNA o sintesi aggiuntiva di cDNA, la dRT-PCR di vLAB dovrebbe essere considerata un metodo alternativo per il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2.
Lo scopo di questo studio era il rilevamento diretto del coronavirus felino mediante PCR in tempo reale e tre diversi test di immunocromatografia rapida (RIM) per rilevare gli antigeni nei campioni felini dei rifugi.
L’utilità dei test RIM è stata confrontata in base alla sensibilità e specificità calcolate per ciascuno dei test RIM. Sono stati testati settanta campioni fecali di gatti di rifugio in quarantena. Dei 70 campioni analizzati mediante PCR in tempo reale, 44 (62,9%) erano positivi. Significativamente più gatti ( p <0,05) sono risultati positivi che negativi. Né l’età né il sesso dei gatti hanno giocato un ruolo significativo ( p > 0,05) nell’escrezione virale.
La sensibilità dei test RIM è risultata bassa (<35%; test RIM A e C) a un livello soddisfacente (> 50%, test RIM B). Il numero di particelle virali determinato dall’analisi RT-PCR in tempo reale non era significativamente correlato ai risultati rilevati in nessuno dei saggi RIM ( p > 0,05). I risultati di questo studio indicano che l’uso dei test antigenici rapidi RIM nello screening di routine per lo stato di eliminazione di FCoV nei gatti da rifugio è limitato a causa dell’elevato numero di risultati falsi negativi.
Il COVID-19 è una malattia infettiva che ha causato una pandemia globale che colpisce persone in tutto il mondo. Poiché il rilevamento delle malattie e l’introduzione dei vaccini continuano, sono ancora necessari strumenti diagnostici efficaci per soddisfare le esigenze di test continui. Questo studio preliminare ha valutato un nuovo test diagnostico SARS-CoV-2 chiamato DirectDetect SARS-CoV-2 Real Time Direct Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) basato su una dimensione del campione limitata di 24 campioni di respiro con 14 SARS-CoV – 2 -pazienti positivi. Il test è superiore ad altri test disponibili in commercio in quanto non richiede il mezzo di trasporto del virus o l’estrazione dell’RNA virale prima dell’amplificazione e del rilevamento dell’acido nucleico.
Questa capacità trasforma ore di tempo di preparazione del campione in una procedura che richiede minuti, eliminando la necessità di molti reagenti costosi che possono essere difficili da ottenere durante il picco nel test dell’acido nucleico durante una pandemia. I risultati mostrano una concordanza positiva del 94,7, 100 e 94,7% tra tamponi asciutti con campioni, campioni trattati e non trattati testati con DirectDetect SARS-CoV-2 RT-PCR diretta in tempo reale rispetto ai test utilizzati in laboratorio clinico, rispettivamente.
Allele-In-One Human Blood Direct Lysis Buffer |
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ABP-PP-BD01500 | Allele Biotech | 500 RXNS | Ask for price |
50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, UNASSEMBLED |
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SCT-50ML-500 | CORNING | 50/pk | 87 EUR |
Blood Direct PCR Kit V2 |
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PD103-01 | Vazyme | 50 rxn | 169 EUR |
Blood Direct PCR Kit V2 |
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PD103-02 | Vazyme | 200 rxn | 354 EUR |
SingleStep Poly-HRP Anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP-50ml |
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Q2AB1-50ml | EnQuireBio | 50ml | 403 EUR |
SingleStep Poly-HRP Anti-Rabbit IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP-50ml |
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Q2AB2-50ml | EnQuireBio | 50ml | 403 EUR |
REAGENT RESERV, 50ML,WHITE,PS,S,BK,5/200 |
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4870 | CORNING | 5/pk | 190 EUR |
REAGENT RESERV,50ML,WHITE,PS,S,IND,1/100 |
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4871 | CORNING | 1/pk | 218 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
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B40013 | Bimake | 200 ractions | 209 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
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B40015 | Bimake | 500 ractions | 409 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
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B45012 | Bimake | 1ml*5 (500 ractions) | 280 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
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B45013 | Bimake | 1ml*20 (2000 ractions) | 865 EUR |
50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, ASSEMBLED, PRE-STERILIZED |
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SCT-50ML-25-S | CORNING | 25/pk | 98 EUR |
FastAmp Plant Direct PCR Kit - 250 Reactions |
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4612 | Intact Genomics | 1/EA | 164 EUR |
Direct RT-PCR Kit wioRealStart DNA Polymerase |
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FYT507-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Direct RT-PCR Kit wioRealStart DNA Polymerase |
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FYT507-50P | Yeastern Biotech | 50 Preps | Ask for price |
50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, RACKED, ASSEMBLED, PRE-STERILIZED |
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SCT-50ML-R-S | CORNING | 250/pk | 106 EUR |
Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase |
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FYT506-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase |
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FYT506-50P | Yeastern Biotech | 50 Preps; | Ask for price |
Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit |
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ABP-PP-BD02100 | Allele Biotech | 100 RXNS | Ask for price |
Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit |
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ABP-PP-BD02500 | Allele Biotech | 500 RXNS | Ask for price |
MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit |
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PCR-MPX218-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit |
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PCR-MPX218-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Lysis Buffer |
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abx098984-LysisBuffer120ml | Abbexa | Lysis Buffer 1 (20 ml) | 154 EUR |
Lysis Buffer |
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abx098984-LysisBuffer3100ml | Abbexa | Lysis Buffer 3 (100ml) | 230 EUR |
Lysis Buffer |
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abx098984-LysisBuffer420ml | Abbexa | Lysis Buffer 4 (20 ml) | 154 EUR |
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit |
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PCR-MPX401-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit |
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PCR-MPX401-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
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105-540 | GeneOn | 20 rcs x 50 µl | 164 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
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105-542 | GeneOn | 100 rcs x 50 µl | 549 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
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105-544 | GeneOn | 1000 rcs x 50 µl | 4189 EUR |
Halobacillus PCR kit |
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PCR-A635-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Halobacillus PCR kit |
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PCR-A635-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Enterovirus PCR kit |
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PCR-H433-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Enterovirus PCR kit |
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PCR-H433-96R | Bioingentech | 100T | 859 EUR |
Mengovirus PCR kit |
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PCR-H453-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Mengovirus PCR kit |
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PCR-H453-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Astrovirus PCR kit |
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PCR-H491-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Astrovirus PCR kit |
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PCR-H491-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Calicivirus PCR kit |
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PCR-H493-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Calicivirus PCR kit |
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PCR-H493-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Adenovirus PCR kit |
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PCR-H501-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Adenovirus PCR kit |
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PCR-H501-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Polyomavirus PCR kit |
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PCR-H515-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Polyomavirus PCR kit |
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PCR-H515-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Ruminococcus PCR kit |
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PCR-H619-48D | Bioingentech | 48T | 453 EUR |
Ruminococcus PCR kit |
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PCR-H619-96D | Bioingentech | 96T | 572 EUR |
Bifidobacterium PCR kit |
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PCR-H621-48D | Bioingentech | 48T | 453 EUR |
Bifidobacterium PCR kit |
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PCR-H621-96D | Bioingentech | 96T | 572 EUR |
Sapovirus PCR kit |
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PCR-H630-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Sapovirus PCR kit |
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PCR-H630-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Parechovirus PCR kit |
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PCR-H642-48R | Bioingentech | 50T | 678 EUR |
Parechovirus PCR kit |
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PCR-H642-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Metapneumovirus PCR kit |
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PCR-H643-48R | Bioingentech | 50T | 823 EUR |
Metapneumovirus PCR kit |
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PCR-H643-96R | Bioingentech | 100T | 1113 EUR |
Entamoeba PCR kit |
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PCR-H683-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Entamoeba PCR kit |
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PCR-H683-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Acanthamoeba PCR kit |
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PCR-H684-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Acanthamoeba PCR kit |
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PCR-H684-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Echovirus PCR kit |
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PCR-H722-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
Echovirus PCR kit |
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PCR-H722-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
ranavirus PCR kit |
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PCR-V337-48D | Bioingentech | 50T | 453 EUR |
ranavirus PCR kit |
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PCR-V337-96D | Bioingentech | 100T | 572 EUR |
Ruminococcus PCR kit |
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PCR-V619-48D | Bioingentech | 50T | 425.8 EUR |
Ruminococcus PCR kit |
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PCR-V619-96D | Bioingentech | 100T | 521.5 EUR |
Bifidobacterium PCR kit |
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PCR-V621-48D | Bioingentech | 50T | 425.8 EUR |
Bifidobacterium PCR kit |
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PCR-V621-96D | Bioingentech | 100T | 521.5 EUR |
Burettes Brush, 50ml |
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BR004-50 | Bio Basic | 1 UNIT | 51.74 EUR |
CRYOPRESERVATION BAG, 50ML |
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91-200-88 | CORNING | 1/pk | 81 EUR |
TubeSpin Bioteactor (50mL) |
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TS50 | Next Advance | 180case | 65 EUR |
I risultati indicano che DirectDetect può essere utilizzato per molti diversi tipi di campioni riducendo il numero di reagenti e il tempo necessario per la diagnosi. Sebbene questo studio mostri risultati promettenti utilizzando i risultati DirectDetect, è necessaria un’ulteriore convalida di questo test con un set più ampio di campioni per valutare le prestazioni effettive di questo test.