La lisi cellulare seguita dal rilascio di DNA genomico è un dilemma in corso nelle tecniche di biologia molecolare.

Nella maggior parte dei casi, tecnologie come la PCR e altre tecniche di amplificazione richiedono fasi di estrazione e purificazione del DNA. Smart Amplification versione 2 (SmartAmp2) è una tecnologia di amplificazione isotermica e integrata che elimina la necessità di una lunga preparazione del campione per il rilevamento rapido degli acidi nucleici, inclusi i polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), le mutazioni e altri bersagli. Inoltre, l’amplificazione del DNA direttamente dal sangue intero è benefica e riduce il rischio di contaminazione incrociata. I test SmartAmp2 tradizionali consistono in due fasi e richiedono un pretrattamento alcalino a 98 gradi C prima di una corsa a 60 gradi.

Per rendere SmartAmp2 veramente isotermico e semplificare l’amplificazione del DNA, introduciamo SmartAmp Isothermal Lysis Buffer (SIL-B), un tampone di lisi caotropico di nuova concezione che consente il recupero  e la denaturazione simultanei del materiale genomico direttamente dal sangue intero a una temperatura uniforme di 60 gradi C. Isolamento migliorato Il metodo Whole Blood Nucleic Acids è una pietra miliare nella creazione di uno SmartAmp2 veramente isotermico dall’inizio alla fine a una singola temperatura, aumentandone il potenziale per l’uso di routine nei test al letto del paziente. Inoltre, il pretrattamento con SIL-B consente l’amplificazione PCR del materiale genomico direttamente dal sangue intero.

 

 

Amplificazione diretta di SARS-CoV-2 mediante RT-PCR da campioni clinici utilizzando un tampone concentrato di lisi-amplificazione del virus preparato con IGEPAL-630

La pandemia del 2019 causata dal nuovo coronavirus (SARS-CoV-2) continua a diffondersi rapidamente in tutto il mondo. L’amplificazione dell’acido nucleico funge da gold standard per la conferma dell’infezione da COVID-19. Tuttavia,  le sfide affrontate dai laboratori diagnostici nei paesi sottosviluppati includono la mancanza di kit e materiali per la purificazione dell’RNA virale. Pertanto, è necessario verificare urgentemente metodi alternativi per isolare gli acidi nucleici per SARS-CoV-2.

I nostri risultati mostrano che un tampone di amplificazione della lisi virale concentrato (vLAB) preparato con detergente non ionico IGEPAL consente il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2 mediante reazione a catena diretta della trascrittasi-polimerasi inversa (dRT-PCR). Inoltre, vLAB ha effettivamente inattivato SARS-CoV-2. Poiché questo metodo è poco costoso e non sono necessarie apparecchiature di purificazione dell’RNA o sintesi aggiuntiva di cDNA, la dRT-PCR di vLAB dovrebbe essere considerata un metodo alternativo per il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2.

Lo scopo di questo studio era il rilevamento diretto del coronavirus felino mediante PCR in tempo reale e tre diversi test di immunocromatografia rapida (RIM) per rilevare gli antigeni nei campioni felini dei rifugi.

L’utilità dei test RIM è stata confrontata in base alla sensibilità e specificità calcolate per ciascuno dei test RIM. Sono stati testati settanta campioni fecali di gatti di rifugio in quarantena. Dei 70 campioni analizzati mediante PCR in tempo reale, 44 (62,9%) erano positivi. Significativamente più gatti (  p   <0,05) sono risultati positivi che negativi. Né l’età né il sesso dei gatti hanno giocato un ruolo significativo (  p   > 0,05) nell’escrezione virale.

La sensibilità dei test RIM è risultata bassa (<35%; test RIM A e C) a un livello soddisfacente (> 50%, test RIM B). Il numero di particelle virali determinato dall’analisi RT-PCR in tempo reale non era significativamente correlato ai risultati rilevati in nessuno dei saggi RIM (  p   > 0,05). I risultati di questo studio indicano che l’uso dei test antigenici rapidi RIM nello screening di routine per lo stato di eliminazione di FCoV nei  gatti da rifugio è limitato a causa dell’elevato numero di risultati falsi negativi.

Il COVID-19 è una malattia infettiva che ha causato una pandemia globale che colpisce persone in tutto il mondo. Poiché il rilevamento delle malattie e l’introduzione dei vaccini continuano, sono ancora necessari strumenti diagnostici efficaci per soddisfare le esigenze di test continui. Questo studio preliminare ha valutato un nuovo test diagnostico SARS-CoV-2 chiamato DirectDetect SARS-CoV-2 Real Time Direct Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) basato su una dimensione del campione limitata di 24 campioni di respiro con 14 SARS-CoV – 2 -pazienti positivi. Il test è superiore ad altri test disponibili in commercio in quanto non richiede il mezzo di trasporto del virus o l’estrazione dell’RNA virale prima dell’amplificazione e del rilevamento dell’acido nucleico.

Questa capacità trasforma ore di tempo di preparazione del campione in una procedura che richiede minuti, eliminando la necessità di molti reagenti costosi che possono essere difficili da ottenere durante il picco nel test dell’acido nucleico durante una pandemia. I risultati mostrano una concordanza positiva del 94,7, 100 e 94,7% tra tamponi asciutti con campioni, campioni trattati e non trattati testati con DirectDetect SARS-CoV-2 RT-PCR diretta in tempo reale rispetto ai test utilizzati in laboratorio clinico, rispettivamente.

Allele-In-One Human Blood Direct Lysis Buffer

ABP-PP-BD01500 Allele Biotech 500 RXNS Ask for price

50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, UNASSEMBLED

SCT-50ML-500 CORNING 50/pk 87 EUR

Blood Direct PCR Kit V2

PD103-01 Vazyme 50 rxn 169 EUR

Blood Direct PCR Kit V2

PD103-02 Vazyme 200 rxn 354 EUR

SingleStep Poly-HRP Anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP-50ml

Q2AB1-50ml EnQuireBio 50ml 403 EUR

SingleStep Poly-HRP Anti-Rabbit IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP-50ml

Q2AB2-50ml EnQuireBio 50ml 403 EUR

REAGENT RESERV, 50ML,WHITE,PS,S,BK,5/200

4870 CORNING 5/pk 190 EUR

REAGENT RESERV,50ML,WHITE,PS,S,IND,1/100

4871 CORNING 1/pk 218 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B40013 Bimake 200 ractions 209 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B40015 Bimake 500 ractions 409 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B45012 Bimake 1ml*5 (500 ractions) 280 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B45013 Bimake 1ml*20 (2000 ractions) 865 EUR

50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, ASSEMBLED, PRE-STERILIZED

SCT-50ML-25-S CORNING 25/pk 98 EUR

FastAmp Plant Direct PCR Kit - 250 Reactions

4612 Intact Genomics 1/EA 164 EUR

Direct RT-PCR Kit wioRealStart DNA Polymerase

FYT507-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Direct RT-PCR Kit wioRealStart DNA Polymerase

FYT507-50P Yeastern Biotech 50 Preps Ask for price

50ML , CONICAL BOTTOMED TUBE WITH CAP, RACKED, ASSEMBLED, PRE-STERILIZED

SCT-50ML-R-S CORNING 250/pk 106 EUR

Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase

FYT506-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase

FYT506-50P Yeastern Biotech 50 Preps; Ask for price

Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit

ABP-PP-BD02100 Allele Biotech 100 RXNS Ask for price

Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit

ABP-PP-BD02500 Allele Biotech 500 RXNS Ask for price

MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit

PCR-MPX218-48D Bioingentech 50T 453 EUR

MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit

PCR-MPX218-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Lysis Buffer

abx098984-LysisBuffer120ml Abbexa Lysis Buffer 1 (20 ml) 154 EUR

Lysis Buffer

abx098984-LysisBuffer3100ml Abbexa Lysis Buffer 3 (100ml) 230 EUR

Lysis Buffer

abx098984-LysisBuffer420ml Abbexa Lysis Buffer 4 (20 ml) 154 EUR

MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit

PCR-MPX401-48D Bioingentech 50T 453 EUR

MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit

PCR-MPX401-96D Bioingentech 100T 572 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-540 GeneOn 20 rcs x 50 µl 164 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-542 GeneOn 100 rcs x 50 µl 549 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-544 GeneOn 1000 rcs x 50 µl 4189 EUR

Halobacillus PCR kit

PCR-A635-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Halobacillus PCR kit

PCR-A635-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Enterovirus PCR kit

PCR-H433-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Enterovirus PCR kit

PCR-H433-96R Bioingentech 100T 859 EUR

Mengovirus PCR kit

PCR-H453-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Mengovirus PCR kit

PCR-H453-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Astrovirus PCR kit

PCR-H491-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Astrovirus PCR kit

PCR-H491-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Calicivirus PCR kit

PCR-H493-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Calicivirus PCR kit

PCR-H493-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Adenovirus PCR kit

PCR-H501-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Adenovirus PCR kit

PCR-H501-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Polyomavirus PCR kit

PCR-H515-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Polyomavirus PCR kit

PCR-H515-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Ruminococcus PCR kit

PCR-H619-48D Bioingentech 48T 453 EUR

Ruminococcus PCR kit

PCR-H619-96D Bioingentech 96T 572 EUR

Bifidobacterium PCR kit

PCR-H621-48D Bioingentech 48T 453 EUR

Bifidobacterium PCR kit

PCR-H621-96D Bioingentech 96T 572 EUR

Sapovirus PCR kit

PCR-H630-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Sapovirus PCR kit

PCR-H630-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Parechovirus PCR kit

PCR-H642-48R Bioingentech 50T 678 EUR

Parechovirus PCR kit

PCR-H642-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Metapneumovirus PCR kit

PCR-H643-48R Bioingentech 50T 823 EUR

Metapneumovirus PCR kit

PCR-H643-96R Bioingentech 100T 1113 EUR

Entamoeba PCR kit

PCR-H683-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Entamoeba PCR kit

PCR-H683-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Acanthamoeba PCR kit

PCR-H684-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Acanthamoeba PCR kit

PCR-H684-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Echovirus PCR kit

PCR-H722-48D Bioingentech 50T 453 EUR

Echovirus PCR kit

PCR-H722-96D Bioingentech 100T 572 EUR

ranavirus PCR kit

PCR-V337-48D Bioingentech 50T 453 EUR

ranavirus PCR kit

PCR-V337-96D Bioingentech 100T 572 EUR

Ruminococcus PCR kit

PCR-V619-48D Bioingentech 50T 425.8 EUR

Ruminococcus PCR kit

PCR-V619-96D Bioingentech 100T 521.5 EUR

Bifidobacterium PCR kit

PCR-V621-48D Bioingentech 50T 425.8 EUR

Bifidobacterium PCR kit

PCR-V621-96D Bioingentech 100T 521.5 EUR

Burettes Brush, 50ml

BR004-50 Bio Basic 1 UNIT 51.74 EUR

CRYOPRESERVATION BAG, 50ML

91-200-88 CORNING 1/pk 81 EUR

TubeSpin Bioteactor (50mL)

TS50 Next Advance 180case 65 EUR

I risultati indicano che DirectDetect può essere utilizzato per molti diversi tipi di campioni riducendo il numero di reagenti e il tempo necessario per la diagnosi. Sebbene questo studio mostri risultati promettenti utilizzando i risultati DirectDetect, è necessaria un’ulteriore convalida di questo test con un set più ampio di campioni per valutare le prestazioni effettive di questo test.

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