La lisi cellulare seguita dal rilascio di DNA genomico è un dilemma in corso nelle tecniche di biologia molecolare.

Nella maggior parte dei casi, tecnologie come la PCR e altre tecniche di amplificazione richiedono fasi di estrazione e purificazione del DNA. Smart Amplification versione 2 (SmartAmp2) è una tecnologia di amplificazione isotermica e integrata che elimina la necessità di una lunga preparazione del campione per il rilevamento rapido degli acidi nucleici, inclusi i polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), le mutazioni e altri bersagli. Inoltre, l’amplificazione del DNA direttamente dal sangue intero è benefica e riduce il rischio di contaminazione incrociata. I test SmartAmp2 tradizionali consistono in due fasi e richiedono un pretrattamento alcalino a 98 gradi C prima di una corsa a 60 gradi.

Per rendere SmartAmp2 veramente isotermico e semplificare l’amplificazione del DNA, introduciamo SmartAmp Isothermal Lysis Buffer (SIL-B), un tampone di lisi caotropico di nuova concezione che consente il recupero  e la denaturazione simultanei del materiale genomico direttamente dal sangue intero a una temperatura uniforme di 60 gradi C. Isolamento migliorato Il metodo Whole Blood Nucleic Acids è una pietra miliare nella creazione di uno SmartAmp2 veramente isotermico dall’inizio alla fine a una singola temperatura, aumentandone il potenziale per l’uso di routine nei test al letto del paziente. Inoltre, il pretrattamento con SIL-B consente l’amplificazione PCR del materiale genomico direttamente dal sangue intero.

 

 

Amplificazione diretta di SARS-CoV-2 mediante RT-PCR da campioni clinici utilizzando un tampone concentrato di lisi-amplificazione del virus preparato con IGEPAL-630

La pandemia del 2019 causata dal nuovo coronavirus (SARS-CoV-2) continua a diffondersi rapidamente in tutto il mondo. L’amplificazione dell’acido nucleico funge da gold standard per la conferma dell’infezione da COVID-19. Tuttavia,  le sfide affrontate dai laboratori diagnostici nei paesi sottosviluppati includono la mancanza di kit e materiali per la purificazione dell’RNA virale. Pertanto, è necessario verificare urgentemente metodi alternativi per isolare gli acidi nucleici per SARS-CoV-2.

I nostri risultati mostrano che un tampone di amplificazione della lisi virale concentrato (vLAB) preparato con detergente non ionico IGEPAL consente il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2 mediante reazione a catena diretta della trascrittasi-polimerasi inversa (dRT-PCR). Inoltre, vLAB ha effettivamente inattivato SARS-CoV-2. Poiché questo metodo è poco costoso e non sono necessarie apparecchiature di purificazione dell’RNA o sintesi aggiuntiva di cDNA, la dRT-PCR di vLAB dovrebbe essere considerata un metodo alternativo per il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2.

Lo scopo di questo studio era il rilevamento diretto del coronavirus felino mediante PCR in tempo reale e tre diversi test di immunocromatografia rapida (RIM) per rilevare gli antigeni nei campioni felini dei rifugi.

L’utilità dei test RIM è stata confrontata in base alla sensibilità e specificità calcolate per ciascuno dei test RIM. Sono stati testati settanta campioni fecali di gatti di rifugio in quarantena. Dei 70 campioni analizzati mediante PCR in tempo reale, 44 (62,9%) erano positivi. Significativamente più gatti (  p   <0,05) sono risultati positivi che negativi. Né l’età né il sesso dei gatti hanno giocato un ruolo significativo (  p   > 0,05) nell’escrezione virale.

La sensibilità dei test RIM è risultata bassa (<35%; test RIM A e C) a un livello soddisfacente (> 50%, test RIM B). Il numero di particelle virali determinato dall’analisi RT-PCR in tempo reale non era significativamente correlato ai risultati rilevati in nessuno dei saggi RIM (  p   > 0,05). I risultati di questo studio indicano che l’uso dei test antigenici rapidi RIM nello screening di routine per lo stato di eliminazione di FCoV nei  gatti da rifugio è limitato a causa dell’elevato numero di risultati falsi negativi.

Il COVID-19 è una malattia infettiva che ha causato una pandemia globale che colpisce persone in tutto il mondo. Poiché il rilevamento delle malattie e l’introduzione dei vaccini continuano, sono ancora necessari strumenti diagnostici efficaci per soddisfare le esigenze di test continui. Questo studio preliminare ha valutato un nuovo test diagnostico SARS-CoV-2 chiamato DirectDetect SARS-CoV-2 Real Time Direct Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) basato su una dimensione del campione limitata di 24 campioni di respiro con 14 SARS-CoV – 2 -pazienti positivi. Il test è superiore ad altri test disponibili in commercio in quanto non richiede il mezzo di trasporto del virus o l’estrazione dell’RNA virale prima dell’amplificazione e del rilevamento dell’acido nucleico.

Questa capacità trasforma ore di tempo di preparazione del campione in una procedura che richiede minuti, eliminando la necessità di molti reagenti costosi che possono essere difficili da ottenere durante il picco nel test dell’acido nucleico durante una pandemia. I risultati mostrano una concordanza positiva del 94,7, 100 e 94,7% tra tamponi asciutti con campioni, campioni trattati e non trattati testati con DirectDetect SARS-CoV-2 RT-PCR diretta in tempo reale rispetto ai test utilizzati in laboratorio clinico, rispettivamente.

Tail Lysis Buffer 4

10450048-1 Glycomatrix 500 ml 45.48 EUR

Plant Direct PCR Kit

PD105-01 Vazyme 50 rxn (50 μl/rxn) 202.8 EUR

Plant Direct PCR Kit

PD105-02 Vazyme 200 rxn (50 μl/rxn) 424.8 EUR

Direct PCR Complete Kit

S700 GeneOn 100 rcs 159.6 EUR

Direct PCR Complete Kit

S700-2 GeneOn 5x100 rcs 628.8 EUR

Select Reagent Bottle Wide Mouth Clear 50ml

BOT64420 Scientific Laboratory Supplies PK10 61.2 EUR

DIRECTPCR LYSIS RGNT(YOLK SAC)

201-Y Viagen 50 ml 169.2 EUR

Simax Reagent Bottle Narrow Mouth Amber 50ml

BOT64222 Scientific Laboratory Supplies PK10 61.2 EUR

Tail Lysis Buffer 1 2X

10450043-1 Glycomatrix 250 ml 54.54 EUR

Tail Lysis Buffer 1 2X

10450043-2 Glycomatrix 500 ml 89.32 EUR

Tail Lysis Buffer 2 2X

10450045-1 Glycomatrix 250 ml 27.17 EUR

Tail Lysis Buffer 2 2X

10450045-2 Glycomatrix 500 ml 45.38 EUR

Tail Lysis Buffer 3 2X

10450047-1 Glycomatrix 500 ml 54.54 EUR

Tail Lysis Buffer 4 2X

10450049-1 Glycomatrix 500 ml 63.61 EUR

Costar 50mL Reagent Reservoirs 5/Bag Sterile

4870 Scientific Laboratory Supplies PK200 298.8 EUR

Costar 50mL Reagent Reservoirs 1/Bag Sterile

4871 Scientific Laboratory Supplies PK100 346.8 EUR

FastAmp Plant Direct PCR Kit - 1250 Reactions

4615 Intact Genomics 1/EA 621.6 EUR

Magnesium Chloride 25mM, PCR Reagent

11170057-1 Bio-WORLD 10 mL 13 EUR

Magnesium Chloride 25mM, PCR Reagent

11170057-2 Bio-WORLD 25 mL 21.41 EUR

Magnesium Chloride 25mM, PCR Reagent

11170057-3 Bio-WORLD 50 mL 34.4 EUR

Blood Direct PCR Kit V2

PD103-01 Vazyme 50 rxn 202.8 EUR

Blood Direct PCR Kit V2

PD103-02 Vazyme 200 rxn 424.8 EUR

Mouse Tissue Direct PCR Kit

RK20736 Abclonal 100RXN 150 EUR

Mouse tissue direct PCR kit

EP033 ELK Biotech 50T 125 EUR

BCA Reagent, 16ML

C144-16ML Arbor Assays 16ML 132 EUR

TDA Reagent - 10mL

MIC6732 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

PYR Reagent - 10mL

MIC6744 Scientific Laboratory Supplies EACH 31.12 EUR

Reagent Bottle Clear Narrow neck with plastic stopper 50ml

BOT2140 Scientific Laboratory Supplies PK10 40.2 EUR

Reagent Bottle Amber Narrow neck with plastic stopper 50ml

BOT2156 Scientific Laboratory Supplies PK10 46.92 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B40013 Bimake 200 ractions 250.8 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B40015 Bimake 500 ractions 490.8 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B45012 Bimake 1ml*5 (500 ractions) 336 EUR

Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping)

B45013 Bimake 1ml*20 (2000 ractions) 1038 EUR

Color Reagent A, 15ML

X094-15ML Arbor Assays 15ML 59 EUR

Color Reagent A, 38ML

X094-38ML Arbor Assays 38ML 120 EUR

Color Reagent B, 15ML

X095-15ML Arbor Assays 15ML 59 EUR

Color Reagent B, 38ML

X095-38ML Arbor Assays 38ML 120 EUR

Dissociation Reagent, 25ML

X017-25ML Arbor Assays 25ML 242 EUR

Bottle Reagent 500ml Pyrex

B54564 Scientific Laboratory Supplies PK10 124.8 EUR

Nitrate Reagent A - 10mL

MIC6720 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

Nitrate Reagent B- 10mL

MIC6722 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

Indole Kovacs Reagent - 10mL

MIC6734 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

MIDASplus 10mL Single Reagent 100mL

M-MDSR-106 MiTeGen 100 ml ml 183 EUR

Creatinine Color Reagent, 28ML

C004-28ML Arbor Assays 28ML 254 EUR

Hemoglobin Detection Reagent, 20ML

C038-20ML Arbor Assays 20ML 242 EUR

Bottle Reagent Pyrex 100ml.

B54558 Scientific Laboratory Supplies PK10 90 EUR

Simax Reagent Bottle 100ml

BOT53040 Scientific Laboratory Supplies PK10 28.8 EUR

Simax Reagent Bottle 250ml

BOT53060 Scientific Laboratory Supplies PK10 33.6 EUR

Simax Reagent Bottle 500ml

BOT5308 Scientific Laboratory Supplies EACH 4.19 EUR

Simax Reagent Bottle 500ml

BOT53080 Scientific Laboratory Supplies PK10 39.6 EUR

Reagent Bottle Amber 100ml

BOT64240 Scientific Laboratory Supplies PK10 98.4 EUR

Reagent Bottle Amber 250ml

BOT64260 Scientific Laboratory Supplies PK10 82.8 EUR

Reagent Bottle Amber 500ml

BOT64282 Scientific Laboratory Supplies PK10 126 EUR

Reagent Bottles Amber 500ml

BOT53080A Scientific Laboratory Supplies PK10 357.6 EUR

Voges-Proskauer I Reagent 10mL

MIC6726 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

Voges-Proskauer II Reagent 10mL

MIC6728 Scientific Laboratory Supplies EACH 26.33 EUR

Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit

ABP-PP-BD02100 Allele Biotech 100 RXNS Ask for price

Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit

ABP-PP-BD02500 Allele Biotech 500 RXNS Ask for price

Reagent Reservoir 25ml NS

F267660 Scientific Laboratory Supplies PK100 159.6 EUR

DetectX® Creatinine Reagent, 20ML

C004-20ML Arbor Assays 20ML 254 EUR

MIDASplus HT-96 Single Reagent 100mL

M-MDSR-107 MiTeGen 100 ml ml 183 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-540 GeneOn 20 rcs x 50 µl 196.8 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-542 GeneOn 100 rcs x 50 µl 658.8 EUR

One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD)

105-544 GeneOn 1000 rcs x 50 µl 5026.8 EUR

Bottle Reagent Amber Wn 250ml

BOT64660 Scientific Laboratory Supplies PK10 114 EUR

cAMP Biotrak(TM) EIA; (Non-Acetylation Protocol; Lysis Reagents not Included); Cytiva; RPN2251

GERPN2251 Scientific Laboratory Supplies EACH 685.2 EUR

Reagent Bottle Wide Clear 100ml

BOT64440 Scientific Laboratory Supplies PK10 62.4 EUR

Reagent Bottle Wide Clear 250ml

BOT64460 Scientific Laboratory Supplies PK10 81.6 EUR

EP Reagent Biuret Reagent

1011601 Scientific Laboratory Supplies 1L 52.8 EUR

Simax Reagent Bottle Amber 1000ml

BOT53100A Scientific Laboratory Supplies PK10 483.6 EUR

Pyrex Reagent Bottle 500ml Square

1520/08D Scientific Laboratory Supplies PK10 133.2 EUR

The BCS Screen HT-96 Single Reagent 100mL

M-MDSR-105 MiTeGen 100 ml ml 155 EUR

EP Reagent Iodoplatinate Reagent

1046300 Scientific Laboratory Supplies 200ML 446.4 EUR

EP Reagent Molybdovanadic Reagent

1056700 Scientific Laboratory Supplies 100ML 52.8 EUR

The BCS Screen 10 mL kit Single Reagent 100mL

M-MDSR-104 MiTeGen 100 ml ml 155 EUR

Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 100mL

5733 Scientific Laboratory Supplies EACH 1309.2 EUR

EP Reagent Methoxyphenylacetic Reagent

1053601 Scientific Laboratory Supplies 100ML 435.6 EUR

The BCS Eco Screen HT-96 Single Reagent 100mL

M-MDSR-105-ECO MiTeGen 100 ml ml 155 EUR

EP Reagent Sulfomolybdic Reagent R3

1086500 Scientific Laboratory Supplies 1L 354 EUR

Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 10mL

5731 Scientific Laboratory Supplies EACH 196.8 EUR

Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 30mL

5732 Scientific Laboratory Supplies EACH 481.2 EUR

Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase

FYT506-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase

FYT506-50P Yeastern Biotech 50 Preps; Ask for price

EP Reagent 0.05M Iodine

R3002700 Scientific Laboratory Supplies 1L 78 EUR

EP Reagent 0.01M Iodine

R3002900 Scientific Laboratory Supplies 1L 150 EUR

EP Reagent Phosphomolybdotungstic Reagent

1065000 Scientific Laboratory Supplies 100ML 201.6 EUR

The BCS Eco Screen 10 mL kit Single Reagent 100mL

M-MDSR-104-ECO MiTeGen 100 ml ml 155 EUR

Direct PCRKits for Blood

FYT302-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Direct PCRKits for Plant

FYT303-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

DeStreak reagent 1mL

17600318 Scientific Laboratory Supplies EACH 82.8 EUR

Hach Total Chlorine Reagent For 25ml

1406499 Scientific Laboratory Supplies PK100 55.2 EUR

FRAP Reagent A, 1.4ML

C148-1.4ML Arbor Assays 1.4ML 150 EUR

FRAP Reagent B, 1.4ML

C149-1.4ML Arbor Assays 1.4ML 150 EUR

500ml Reagent Bottle Amber Narrow Mouth

BOT55260 Scientific Laboratory Supplies PK2 35.04 EUR

EP Reagent Bromothymol Blue Sol. R3 500mL

1012903 Scientific Laboratory Supplies PK2 345.6 EUR

EP Reagent 0.001M Silver Nitrate

3009300 Scientific Laboratory Supplies 1L 206.4 EUR

Color Reagent A, 5ML

X092-5ML Arbor Assays 5ML 48 EUR

Color Reagent B, 5ML

X093-5ML Arbor Assays 5ML 48 EUR

Dissociation Reagent, 1ML

X017-1ML Arbor Assays 1ML 48 EUR

Dissociation Reagent, 5ML

X017-5ML Arbor Assays 5ML 59 EUR

Dissociation Reagent, 1ML

X058-1ML Arbor Assays 1ML 19 EUR

Dissociation Reagent, 5ML

X058-5ML Arbor Assays 5ML 48 EUR

Dissociation Reagent, 1ML

X154-1ML Arbor Assays 1ML 48 EUR

Dissociation Reagent, 5ML

X154-5ML Arbor Assays 5ML 59 EUR

EP Reagent 0.033M Potassium Bromate

3004200 Scientific Laboratory Supplies 1L 158.4 EUR

EP Reagent 0.05M Zinc Chloride

3008500 Scientific Laboratory Supplies 1L 345.6 EUR

EP Reagent 0.004M Benzethonium Chloride

3000900 Scientific Laboratory Supplies 1L 55.2 EUR

Costar 100mL Reagent Reservoirs 5/Bag Sterile

4872 Scientific Laboratory Supplies PK200 357.6 EUR

Costar 100mL Reagent Reservoirs 1/Bag Sterile

4873 Scientific Laboratory Supplies PK100 409.2 EUR

CoolSink LX55 55ml reagent reservoir module

432072 Scientific Laboratory Supplies EACH 342 EUR

EP Reagent 0.05M Sulphuric Acid

3008000 Scientific Laboratory Supplies 1L 36 EUR

MTS Reagent

2808-1000 Biovision each 1188 EUR

MTS Reagent

2808-250 Biovision each 438 EUR

MTT Reagent

2809-1G Biovision each 216 EUR

MTT Reagent

2809-5G Biovision each 652.8 EUR

BOP reagent

5-02141 CHI Scientific 25g Ask for price

BOP reagent

5-02142 CHI Scientific 100g Ask for price

BOP reagent

A7015-100000 ApexBio 100 g 240 EUR

BOP reagent

A7015-25000 ApexBio 25 g 135.6 EUR

EP Reagent 0.02M Mercuric Nitrate

3003500 Scientific Laboratory Supplies 1L 184.8 EUR

Traut's Reagent

2330-1000 Biovision each 418.8 EUR

Traut's Reagent

2330-500 Biovision each 248.4 EUR

VeZol Reagent

R411-01 Vazyme 100 ml 76.4 EUR

VeZol Reagent

R411-02 Vazyme 200 ml 127.6 EUR

Hydrogen Peroxide Reagent, 5ML

C132-5ML Arbor Assays 5 ML 85 EUR

Hydrogen Peroxide Reagent, 5ML

C115-5ML Arbor Assays 5ML 85 EUR

Bluing Reagent

BRT030 ScyTek Laboratories 30 ml 72 EUR

Bluing Reagent

BRT125 ScyTek Laboratories 125 ml 75.6 EUR

Bluing Reagent

BRT3800 ScyTek Laboratories 1 Gal. 220.8 EUR

Bluing Reagent

BRT500 ScyTek Laboratories 500 ml 91.2 EUR

Bluing Reagent

BRT999 ScyTek Laboratories 1000 ml 105.6 EUR

Schiff's Reagent

40120082-1 Bio-WORLD 100 mL 35.14 EUR

Schiff's Reagent

40120082-2 Bio-WORLD 500 mL 54.54 EUR

COD MR 0 to 1500mg/L reagent

WAT1032 Scientific Laboratory Supplies EACH 84 EUR

COD HR 0 to 15000mg/L reagent

WAT1034 Scientific Laboratory Supplies EACH 84 EUR

Chymase reagent

30C-CP1129 Fitzgerald 5 units 2622 EUR

BURGESS REAGENT

702010 Survival Technologies each Ask for price

Nessler Reagent

NESSR Scientific Laboratory Supplies 500ML 182.4 EUR

FreeZol Reagent

R711-01 Vazyme 100 ml 71.2 EUR

FreeZol Reagent

R711-02 Vazyme 200 ml 127.2 EUR

Total Chlorine Reagent 0-2.50mg L

HI9370103 Scientific Laboratory Supplies PK300 121.2 EUR

Total Chlorine Reagent 0-3.50mg L

HI9371103 Scientific Laboratory Supplies PK300 122.4 EUR

COD LR 0 to 150mg/L reagent

WAT1030 Scientific Laboratory Supplies EACH 84 EUR

Chromium Reagent

1206699 Scientific Laboratory Supplies EACH 157.2 EUR

Bradford reagent

BDE641 Bio Basic 100ml 73.21 EUR

Beaucage reagent

HY-100951 MedChemExpress 10mM/1mL 151.2 EUR

Bradford Reagent

GT1202-1 Glentham Life Sciences 1 165.7 EUR

I risultati indicano che DirectDetect può essere utilizzato per molti diversi tipi di campioni riducendo il numero di reagenti e il tempo necessario per la diagnosi. Sebbene questo studio mostri risultati promettenti utilizzando i risultati DirectDetect, è necessaria un’ulteriore convalida di questo test con un set più ampio di campioni per valutare le prestazioni effettive di questo test.

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