Nella maggior parte dei casi, tecnologie come la PCR e altre tecniche di amplificazione richiedono fasi di estrazione e purificazione del DNA. Smart Amplification versione 2 (SmartAmp2) è una tecnologia di amplificazione isotermica e integrata che elimina la necessità di una lunga preparazione del campione per il rilevamento rapido degli acidi nucleici, inclusi i polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), le mutazioni e altri bersagli. Inoltre, l’amplificazione del DNA direttamente dal sangue intero è benefica e riduce il rischio di contaminazione incrociata. I test SmartAmp2 tradizionali consistono in due fasi e richiedono un pretrattamento alcalino a 98 gradi C prima di una corsa a 60 gradi.
Per rendere SmartAmp2 veramente isotermico e semplificare l’amplificazione del DNA, introduciamo SmartAmp Isothermal Lysis Buffer (SIL-B), un tampone di lisi caotropico di nuova concezione che consente il recupero e la denaturazione simultanei del materiale genomico direttamente dal sangue intero a una temperatura uniforme di 60 gradi C. Isolamento migliorato Il metodo Whole Blood Nucleic Acids è una pietra miliare nella creazione di uno SmartAmp2 veramente isotermico dall’inizio alla fine a una singola temperatura, aumentandone il potenziale per l’uso di routine nei test al letto del paziente. Inoltre, il pretrattamento con SIL-B consente l’amplificazione PCR del materiale genomico direttamente dal sangue intero.
Amplificazione diretta di SARS-CoV-2 mediante RT-PCR da campioni clinici utilizzando un tampone concentrato di lisi-amplificazione del virus preparato con IGEPAL-630
La pandemia del 2019 causata dal nuovo coronavirus (SARS-CoV-2) continua a diffondersi rapidamente in tutto il mondo. L’amplificazione dell’acido nucleico funge da gold standard per la conferma dell’infezione da COVID-19. Tuttavia, le sfide affrontate dai laboratori diagnostici nei paesi sottosviluppati includono la mancanza di kit e materiali per la purificazione dell’RNA virale. Pertanto, è necessario verificare urgentemente metodi alternativi per isolare gli acidi nucleici per SARS-CoV-2.
I nostri risultati mostrano che un tampone di amplificazione della lisi virale concentrato (vLAB) preparato con detergente non ionico IGEPAL consente il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2 mediante reazione a catena diretta della trascrittasi-polimerasi inversa (dRT-PCR). Inoltre, vLAB ha effettivamente inattivato SARS-CoV-2. Poiché questo metodo è poco costoso e non sono necessarie apparecchiature di purificazione dell’RNA o sintesi aggiuntiva di cDNA, la dRT-PCR di vLAB dovrebbe essere considerata un metodo alternativo per il rilevamento qualitativo di SARS-CoV-2.
Lo scopo di questo studio era il rilevamento diretto del coronavirus felino mediante PCR in tempo reale e tre diversi test di immunocromatografia rapida (RIM) per rilevare gli antigeni nei campioni felini dei rifugi.
L’utilità dei test RIM è stata confrontata in base alla sensibilità e specificità calcolate per ciascuno dei test RIM. Sono stati testati settanta campioni fecali di gatti di rifugio in quarantena. Dei 70 campioni analizzati mediante PCR in tempo reale, 44 (62,9%) erano positivi. Significativamente più gatti ( p <0,05) sono risultati positivi che negativi. Né l’età né il sesso dei gatti hanno giocato un ruolo significativo ( p > 0,05) nell’escrezione virale.
La sensibilità dei test RIM è risultata bassa (<35%; test RIM A e C) a un livello soddisfacente (> 50%, test RIM B). Il numero di particelle virali determinato dall’analisi RT-PCR in tempo reale non era significativamente correlato ai risultati rilevati in nessuno dei saggi RIM ( p > 0,05). I risultati di questo studio indicano che l’uso dei test antigenici rapidi RIM nello screening di routine per lo stato di eliminazione di FCoV nei gatti da rifugio è limitato a causa dell’elevato numero di risultati falsi negativi.
Il COVID-19 è una malattia infettiva che ha causato una pandemia globale che colpisce persone in tutto il mondo. Poiché il rilevamento delle malattie e l’introduzione dei vaccini continuano, sono ancora necessari strumenti diagnostici efficaci per soddisfare le esigenze di test continui. Questo studio preliminare ha valutato un nuovo test diagnostico SARS-CoV-2 chiamato DirectDetect SARS-CoV-2 Real Time Direct Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) basato su una dimensione del campione limitata di 24 campioni di respiro con 14 SARS-CoV – 2 -pazienti positivi. Il test è superiore ad altri test disponibili in commercio in quanto non richiede il mezzo di trasporto del virus o l’estrazione dell’RNA virale prima dell’amplificazione e del rilevamento dell’acido nucleico.
Questa capacità trasforma ore di tempo di preparazione del campione in una procedura che richiede minuti, eliminando la necessità di molti reagenti costosi che possono essere difficili da ottenere durante il picco nel test dell’acido nucleico durante una pandemia. I risultati mostrano una concordanza positiva del 94,7, 100 e 94,7% tra tamponi asciutti con campioni, campioni trattati e non trattati testati con DirectDetect SARS-CoV-2 RT-PCR diretta in tempo reale rispetto ai test utilizzati in laboratorio clinico, rispettivamente.
Direct PCR Complete Kit |
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S700 | GeneOn | 100 rcs | 159.6 EUR |
Direct PCR Complete Kit |
|||
S700-2 | GeneOn | 5x100 rcs | 628.8 EUR |
FastAmp Plant Direct PCR Kit - 1250 Reactions |
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4615 | Intact Genomics | 1/EA | 621.6 EUR |
Blood Direct PCR Kit V2 |
|||
PD103-01 | Vazyme | 50 rxn | 202.8 EUR |
Blood Direct PCR Kit V2 |
|||
PD103-02 | Vazyme | 200 rxn | 424.8 EUR |
BCA Reagent, 16ML |
|||
C144-16ML | Arbor Assays | 16ML | 132 EUR |
TDA Reagent - 10mL |
|||
MIC6732 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
PYR Reagent - 10mL |
|||
MIC6744 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 31.12 EUR |
Reagent Bottle Clear Narrow neck with plastic stopper 50ml |
|||
BOT2140 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 40.2 EUR |
Reagent Bottle Amber Narrow neck with plastic stopper 50ml |
|||
BOT2156 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 46.92 EUR |
Color Reagent A, 15ML |
|||
X094-15ML | Arbor Assays | 15ML | 59 EUR |
Color Reagent A, 38ML |
|||
X094-38ML | Arbor Assays | 38ML | 120 EUR |
Color Reagent B, 15ML |
|||
X095-15ML | Arbor Assays | 15ML | 59 EUR |
Color Reagent B, 38ML |
|||
X095-38ML | Arbor Assays | 38ML | 120 EUR |
Dissociation Reagent, 25ML |
|||
X017-25ML | Arbor Assays | 25ML | 242 EUR |
Bottle Reagent 500ml Pyrex |
|||
B54564 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 124.8 EUR |
Nitrate Reagent A - 10mL |
|||
MIC6720 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
Nitrate Reagent B- 10mL |
|||
MIC6722 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
Indole Kovacs Reagent - 10mL |
|||
MIC6734 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
|||
B40013 | Bimake | 200 ractions | 250.8 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
|||
B40015 | Bimake | 500 ractions | 490.8 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
|||
B45012 | Bimake | 1ml*5 (500 ractions) | 336 EUR |
Mouse Direct PCR Kit (For Genotyping) |
|||
B45013 | Bimake | 1ml*20 (2000 ractions) | 1038 EUR |
MIDASplus 10mL Single Reagent 100mL |
|||
M-MDSR-106 | MiTeGen | 100 ml ml | 183 EUR |
Creatinine Color Reagent, 28ML |
|||
C004-28ML | Arbor Assays | 28ML | 254 EUR |
cAMP Biotrak(TM) EIA; (Non-Acetylation Protocol; Lysis Reagents not Included); Cytiva; RPN2251 |
|||
GERPN2251 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 685.2 EUR |
Hemoglobin Detection Reagent, 20ML |
|||
C038-20ML | Arbor Assays | 20ML | 242 EUR |
Bottle Reagent Pyrex 100ml. |
|||
B54558 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 90 EUR |
Simax Reagent Bottle 100ml |
|||
BOT53040 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 28.8 EUR |
Simax Reagent Bottle 250ml |
|||
BOT53060 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 33.6 EUR |
Simax Reagent Bottle 500ml |
|||
BOT5308 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 4.19 EUR |
Simax Reagent Bottle 500ml |
|||
BOT53080 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 39.6 EUR |
Reagent Bottle Amber 100ml |
|||
BOT64240 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 98.4 EUR |
Reagent Bottle Amber 250ml |
|||
BOT64260 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 82.8 EUR |
Reagent Bottle Amber 500ml |
|||
BOT64282 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 126 EUR |
Reagent Bottles Amber 500ml |
|||
BOT53080A | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 357.6 EUR |
Voges-Proskauer I Reagent 10mL |
|||
MIC6726 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
Voges-Proskauer II Reagent 10mL |
|||
MIC6728 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 26.33 EUR |
Reagent Reservoir 25ml NS |
|||
F267660 | Scientific Laboratory Supplies | PK100 | 159.6 EUR |
DetectX® Creatinine Reagent, 20ML |
|||
C004-20ML | Arbor Assays | 20ML | 254 EUR |
MIDASplus HT-96 Single Reagent 100mL |
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M-MDSR-107 | MiTeGen | 100 ml ml | 183 EUR |
Bottle Reagent Amber Wn 250ml |
|||
BOT64660 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 114 EUR |
EP Reagent Biuret Reagent |
|||
1011601 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 52.8 EUR |
Reagent Bottle Wide Clear 100ml |
|||
BOT64440 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 62.4 EUR |
Reagent Bottle Wide Clear 250ml |
|||
BOT64460 | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 81.6 EUR |
Simax Reagent Bottle Amber 1000ml |
|||
BOT53100A | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 483.6 EUR |
Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit |
|||
ABP-PP-BD02100 | Allele Biotech | 100 RXNS | Ask for price |
Allele-In-One Human Blood Direct PCR Kit |
|||
ABP-PP-BD02500 | Allele Biotech | 500 RXNS | Ask for price |
Pyrex Reagent Bottle 500ml Square |
|||
1520/08D | Scientific Laboratory Supplies | PK10 | 133.2 EUR |
EP Reagent Iodoplatinate Reagent |
|||
1046300 | Scientific Laboratory Supplies | 200ML | 446.4 EUR |
The BCS Screen HT-96 Single Reagent 100mL |
|||
M-MDSR-105 | MiTeGen | 100 ml ml | 155 EUR |
EP Reagent Molybdovanadic Reagent |
|||
1056700 | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 52.8 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
|||
105-540 | GeneOn | 20 rcs x 50 µl | 196.8 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
|||
105-542 | GeneOn | 100 rcs x 50 µl | 658.8 EUR |
One.Direct.Step RT-qPCR Kit for Probes (DIRECT PCR FROM BLOOD) |
|||
105-544 | GeneOn | 1000 rcs x 50 µl | 5026.8 EUR |
Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 100mL |
|||
5733 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 1309.2 EUR |
The BCS Screen 10 mL kit Single Reagent 100mL |
|||
M-MDSR-104 | MiTeGen | 100 ml ml | 155 EUR |
EP Reagent Methoxyphenylacetic Reagent |
|||
1053601 | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 435.6 EUR |
The BCS Eco Screen HT-96 Single Reagent 100mL |
|||
M-MDSR-105-ECO | MiTeGen | 100 ml ml | 155 EUR |
EP Reagent Sulfomolybdic Reagent R3 |
|||
1086500 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 354 EUR |
EP Reagent Phosphomolybdotungstic Reagent |
|||
1065000 | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 201.6 EUR |
EP Reagent 0.05M Iodine |
|||
R3002700 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 78 EUR |
EP Reagent 0.01M Iodine |
|||
R3002900 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 150 EUR |
Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 10mL |
|||
5731 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 196.8 EUR |
Corning 3D Clear Tissue Clearing Reagent - 30mL |
|||
5732 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 481.2 EUR |
The BCS Eco Screen 10 mL kit Single Reagent 100mL |
|||
M-MDSR-104-ECO | MiTeGen | 100 ml ml | 155 EUR |
DeStreak reagent 1mL |
|||
17600318 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 82.8 EUR |
Hach Total Chlorine Reagent For 25ml |
|||
1406499 | Scientific Laboratory Supplies | PK100 | 55.2 EUR |
FRAP Reagent A, 1.4ML |
|||
C148-1.4ML | Arbor Assays | 1.4ML | 150 EUR |
FRAP Reagent B, 1.4ML |
|||
C149-1.4ML | Arbor Assays | 1.4ML | 150 EUR |
500ml Reagent Bottle Amber Narrow Mouth |
|||
BOT55260 | Scientific Laboratory Supplies | PK2 | 35.04 EUR |
EP Reagent 0.001M Silver Nitrate |
|||
3009300 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 206.4 EUR |
EP Reagent Bromothymol Blue Sol. R3 500mL |
|||
1012903 | Scientific Laboratory Supplies | PK2 | 345.6 EUR |
Color Reagent A, 5ML |
|||
X092-5ML | Arbor Assays | 5ML | 48 EUR |
Color Reagent B, 5ML |
|||
X093-5ML | Arbor Assays | 5ML | 48 EUR |
Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase |
|||
FYT506-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Direct RT-PCR Kit wi RealStart DNA Polymerase |
|||
FYT506-50P | Yeastern Biotech | 50 Preps; | Ask for price |
Dissociation Reagent, 1ML |
|||
X017-1ML | Arbor Assays | 1ML | 48 EUR |
Dissociation Reagent, 5ML |
|||
X017-5ML | Arbor Assays | 5ML | 59 EUR |
Dissociation Reagent, 1ML |
|||
X058-1ML | Arbor Assays | 1ML | 19 EUR |
Dissociation Reagent, 5ML |
|||
X058-5ML | Arbor Assays | 5ML | 48 EUR |
Dissociation Reagent, 1ML |
|||
X154-1ML | Arbor Assays | 1ML | 48 EUR |
Dissociation Reagent, 5ML |
|||
X154-5ML | Arbor Assays | 5ML | 59 EUR |
EP Reagent 0.033M Potassium Bromate |
|||
3004200 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 158.4 EUR |
Direct PCRKits for Blood |
|||
FYT302-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
Direct PCRKits for Plant |
|||
FYT303-100P | Yeastern Biotech | 100 Preps | Ask for price |
EP Reagent 0.05M Zinc Chloride |
|||
3008500 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 345.6 EUR |
EP Reagent 0.004M Benzethonium Chloride |
|||
3000900 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 55.2 EUR |
EP Reagent 0.05M Sulphuric Acid |
|||
3008000 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 36 EUR |
Costar 100mL Reagent Reservoirs 5/Bag Sterile |
|||
4872 | Scientific Laboratory Supplies | PK200 | 357.6 EUR |
Costar 100mL Reagent Reservoirs 1/Bag Sterile |
|||
4873 | Scientific Laboratory Supplies | PK100 | 409.2 EUR |
CoolSink LX55 55ml reagent reservoir module |
|||
432072 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 342 EUR |
MTS Reagent |
|||
2808-1000 | Biovision | each | 1188 EUR |
MTS Reagent |
|||
2808-250 | Biovision | each | 438 EUR |
MTT Reagent |
|||
2809-1G | Biovision | each | 216 EUR |
MTT Reagent |
|||
2809-5G | Biovision | each | 652.8 EUR |
BOP reagent |
|||
5-02141 | CHI Scientific | 25g | Ask for price |
BOP reagent |
|||
5-02142 | CHI Scientific | 100g | Ask for price |
BOP reagent |
|||
A7015-100000 | ApexBio | 100 g | 240 EUR |
BOP reagent |
|||
A7015-25000 | ApexBio | 25 g | 135.6 EUR |
EP Reagent 0.02M Mercuric Nitrate |
|||
3003500 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 184.8 EUR |
Traut's Reagent |
|||
2330-1000 | Biovision | each | 418.8 EUR |
Traut's Reagent |
|||
2330-500 | Biovision | each | 248.4 EUR |
VeZol Reagent |
|||
R411-01 | Vazyme | 100 ml | 76.4 EUR |
VeZol Reagent |
|||
R411-02 | Vazyme | 200 ml | 127.6 EUR |
Bluing Reagent |
|||
BRT030 | ScyTek Laboratories | 30 ml | 72 EUR |
Bluing Reagent |
|||
BRT125 | ScyTek Laboratories | 125 ml | 75.6 EUR |
Bluing Reagent |
|||
BRT3800 | ScyTek Laboratories | 1 Gal. | 220.8 EUR |
Bluing Reagent |
|||
BRT500 | ScyTek Laboratories | 500 ml | 91.2 EUR |
Bluing Reagent |
|||
BRT999 | ScyTek Laboratories | 1000 ml | 105.6 EUR |
Hydrogen Peroxide Reagent, 5ML |
|||
C132-5ML | Arbor Assays | 5 ML | 85 EUR |
Hydrogen Peroxide Reagent, 5ML |
|||
C115-5ML | Arbor Assays | 5ML | 85 EUR |
COD MR 0 to 1500mg/L reagent |
|||
WAT1032 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 84 EUR |
COD HR 0 to 15000mg/L reagent |
|||
WAT1034 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 84 EUR |
Chymase reagent |
|||
30C-CP1129 | Fitzgerald | 5 units | 2622 EUR |
BURGESS REAGENT |
|||
702010 | Survival Technologies | each | Ask for price |
Nessler Reagent |
|||
NESSR | Scientific Laboratory Supplies | 500ML | 182.4 EUR |
FreeZol Reagent |
|||
R711-01 | Vazyme | 100 ml | 71.2 EUR |
FreeZol Reagent |
|||
R711-02 | Vazyme | 200 ml | 127.2 EUR |
Total Chlorine Reagent 0-2.50mg L |
|||
HI9370103 | Scientific Laboratory Supplies | PK300 | 121.2 EUR |
Total Chlorine Reagent 0-3.50mg L |
|||
HI9371103 | Scientific Laboratory Supplies | PK300 | 122.4 EUR |
Chromium Reagent |
|||
1206699 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 157.2 EUR |
Bradford reagent |
|||
BDE641 | Bio Basic | 100ml | 73.21 EUR |
Beaucage reagent |
|||
HY-100951 | MedChemExpress | 10mM/1mL | 151.2 EUR |
Bradford Reagent |
|||
GT1202-1 | Glentham Life Sciences | 1 | 165.7 EUR |
Bradford Reagent |
|||
GT1202-500 | Glentham Life Sciences | 500 | 105.5 EUR |
Barfoeds Reagent |
|||
RRSP6363-D | Atom Scientific | 500ml | 10.8 EUR |
COD LR 0 to 150mg/L reagent |
|||
WAT1030 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 84 EUR |
Ammonia HR 0 -100mg/l reagent |
|||
WAT1048 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 132 EUR |
Cod Reagent 0-15000Ppm |
|||
24159-51 | Scientific Laboratory Supplies | PK25 | 116.4 EUR |
Phosphate Reagent |
|||
106199 | Scientific Laboratory Supplies | PK100 | 69.6 EUR |
Ninhydrin Reagent |
|||
MIC6746 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 31.12 EUR |
EP Reagent 0.02M Potassium Permanganate |
|||
3005300 | Scientific Laboratory Supplies | 1L | 73.2 EUR |
COD Reagent (1977 method) |
|||
WTR50W | Scientific Laboratory Supplies | 2.5L | 135.6 EUR |
Fluorescent Detection Reagent, 5ML |
|||
C116-5ML | Arbor Assays | 5ML | 254 EUR |
Detection Reagent Concentrate, 1ML |
|||
X041-1ML | Arbor Assays | 1ML | 109 EUR |
ECL Start Reagent 2000cm2 |
|||
RPN3243 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 138 EUR |
ECL Start Reagent 4000cm2 |
|||
RPN3244 | Scientific Laboratory Supplies | EACH | 222 EUR |
Thioacetamide Reagent |
|||
THIOR01 | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 99.6 EUR |
Girard's reagent T |
|||
20-abx184099 | Abbexa |
|
|
Silica 3 Reagent |
|||
27169 | Scientific Laboratory Supplies | 100ML | 99.6 EUR |
BSA (Reagent Grade) |
|||
30-AB79 | Fitzgerald | 1 kg | 1862.4 EUR |
BSA (Reagent Grade) |
|||
30-AB81 | Fitzgerald | 200 grams | 571.2 EUR |
Tri-RNA Reagent |
|||
FATRR-001 | Favorgen | 100ml | 283.2 EUR |
Tri-RNA Reagent |
|||
FATRR-002 | Favorgen | 50ml | 211.2 EUR |
Tri-RNA Reagent |
|||
FATRR-003 | Favorgen | 450ml | 774 EUR |
Schiff''s reagent |
|||
GT3929-1 | Glentham Life Sciences | 1 | 113.1 EUR |
I risultati indicano che DirectDetect può essere utilizzato per molti diversi tipi di campioni riducendo il numero di reagenti e il tempo necessario per la diagnosi. Sebbene questo studio mostri risultati promettenti utilizzando i risultati DirectDetect, è necessaria un’ulteriore convalida di questo test con un set più ampio di campioni per valutare le prestazioni effettive di questo test.